SIFAT FISIKOKIMIA OBAT
Nama : Tasha Rahmadona
NIM : G1E121021
Judul : Sifat Fisikokimia Obat : Ikatan Protein
Link : https://youtu.be/grA6c7SukDE
Isolasi Turunan Senyawa Fitosterol
Nama : Tasha Rahmadona NIM : G1E121021 Link : https://youtu.be/tbYbDcWl624
Pada jurnal yang dipaparkan dijelaskan bahwa, Optimasi geometri ini dilakukan agar
BalasHapusdidapatkan struktur senyawa turunan
kalkon berbasis 4-asetilpiridin yang
stabil. Bagaimana proses optimasi ini agar tercapai kestabilan?
Senyawa hasil isolasi dan sintesis perlu dioptimasi secara geometri untuk memperoleh pendekatan konformasi yang sesungguhnya, dimana dilakukan dengan penambahan atom hidrogen (protonasi) bertujuan untuk menyesuaikan suasana docking agar mendekati pH fisiologis. Adapun pada penelitian ini proses-proses tersebut dilakukan pada suatu aplikasi yang disebut dengan HyperChem. Program HyperChem diatur dengan menggunakan metode ab-initio melalui menu Setup. Lalu diklik Menu Compute, kemudian dengan mengklik Geometry Optimization, setelah itu klik OK. Setelah proses optimasi selesai maka didapatkan struktur senyawa turunan kalkon berbasis 4-asetilpiridin yang stabil.
HapusTadi dijelaskan bahwa kerangka struktur senyawa turunan kalkon itu harus dilakukan pengoptimasian dimana optimasi tersebut bertujuan untuk mengetahui energi terendahnya agar dapat menampilkan struktur molekul yang menyerupai struktur sebenarnya. Kemudian dilakukan juga docking pada protein bakteri Bacillus subtilis dan Escherichia coli dengan menggunakan aplikasi MOE Chemical Computing Group. Nah pertanyaan saya mengapa pada pengoptimasian geometri dengan metode ini berfokus pada energi yang terendah, bukannya akan mendapatkan hasil yang lebih optimal serta akan lebih stabil pada energi yang bernilai lebih besar?
BalasHapusEnergi ikatan bebas protein merupakan energi yang dihasilkan oleh ligan yang tidak berinteraksi dengan reseptor. Hasil penambatan molekul senyawa uji menunjukkan semua senyawa dapat berinteraksi dengan sisi aktif reseptor apabila nilai energi bebas ikatan yang bernilai negatif, dimana artinya ikatan yang terbentuk antara ligan dan reseptor itu semakin kuat. Oleh sebab itu yang ingin didapatkan disini adalah energi ikatan yang paling negatif, karena semakin negatif nilai energi bebas protein menunjukkan reaksi antara ligan dan protein terjadi secara spontan serta semakin baik afinitas kompleks ligan protein, sehingga diharapkan aktivitasnya pun semakin baik.
Hapus